故事发生在与地球类似的世界的1940年中期，欧洲的领土大半落入了异形军的手里，各国针对此事态制定了反攻作战计划，为了计划存在的一个重要部分的连合军第501统合战斗航空团「STRIKES」的组织开始招募新人，扶桑国的海军新人魔女宫藤芳佳作为部队补充人员被送去了那里…